Dans le cadre d’un travail coordonné par T. Bouchez (IRSTEA), P. Cuny (Université Aix-Marseille), P.-A. Maron et L. Ranjard (INRA) sous l’égide de l’Observatoire Français des Sols Vivants, ENOVEO a participé à la rédaction d’un ouvrage sur le thème de la microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental. Ce recueil dans lequel ont participé une vingtaine de scientifiques français a été nommé par Springer, comme étant l’un des 180 ouvrages qui peut aider à changer notre monde, toutes sciences confondues. Par ailleurs, cet article est également cité dans les 34 publications dans le domaine « Earth & Environmental Sciences ».

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Cet article a également été publié en français dans la revue « Étude et Gestion des Sols ».

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Bouchez T., Blieux A.-L., Dequiedt S., Domaizon I., Dufresne A., Ferreira S., Godon J.-J., Hellal J., Joulian C., Quaiser A., Martin-Laurent F., Mauffret A., Monier J.-M., Peyret P., Schmitt-Koplin P., Sibourg O., d’Oiron E., Bispo A., Deportes I., Grand C., Cuny P., Maron P.-A. et Ranjard L. (2017) La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental. Etude et Gestion des Sols, 24:9-31.

Résumé : Dans une société où il devient urgent de réduire l’empreinte environnementale des activités humaines, la première étape est de pouvoir faire un diagnostic de la qualité de notre environnement et des différentes matrices qui le constituent (eau, sol, atmosphère). Les micro-organismes, de par leur réponse rapide aux perturbations, leur énorme diversité taxonomique et génétique et leur implication forte dans les cycles biogéochimiques, sont des candidats sérieux pour élaborer ce diagnostic environnemental. Dans cet article, nous passons en revue les techniques moléculaires de caractérisation des micro-organismes qui permettent de fournir des bio-indicateurs robustes pour l’établissement d’un diagnostic environnemental. Ces méthodes couvrent les différents domaines techniques de la biologie moléculaire que sont la génomique, la transcriptomique, la protéomique et la métabolomique ; qui permettent de mesurer l’abondance, la diversité, l’activité et les potentialités fonctionnelles des communautés indigènes dans les différentes matrices environnementales. Chaque méthode moléculaire est décrite en termes d’état d’avancement, de limites techniques et de sensibilité. Une série d’exemples d’applications illustrant des utilisations réelles de ces techniques pour évaluer ou remédier à l’impact des activités humaines (agricoles, industrielles, urbaines) sur les différentes matrices environnementales est ensuite présentée. Enfin, la dernière partie de cet article est consacrée au référencement des indicateurs microbiens opérationnels pour des prestations de diagnostic de la qualité de différentes matrices environnementales par différents types d’opérateurs (agriculteurs, industriels, gestionnaires de sites, aménageurs).

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